年轻的时候邓玉函就已是著名的医生。但是他没有留在欧洲的大公府里作一名耀眼的成功者，而是改变了自己的人生目标：1611年他加入了耶稣会并于1618年启程赴华，1621年到达杭州，1623年来到北京。
邓玉函神父在中国仍然行医。他象教授中国学者欧洲的机械知识那样教授他们欧洲的解剖学知识。他的医学教科书也是和一位中国同事合著的：《泰西人身说概》（1643年第一版），“西方卓越的关于人体的解说概况”。

邓玉函同样对中医非常感兴趣，并且第一次将典型的中医疗法介绍到欧洲：他们用一根很长的针深深扎进皮肤，通过不同的运针方法．…消除肿瘤。我相信…但是这一切我只是耳闻．尚未亲眼目睹。

当欧洲的医生还在用烙铁折磨病人的时候，中国人——如邓玉函第一次报导的那样——就已使用延续至今的非常温和但十分有效的热疗法：“中国人使用苦艾蒿（一种植物，晒干研碎的）放在皮肤上点燃代替烙铁，大多数时候效果很好。”

十六世纪后半叶从美国传播开了一种恶习——吸食烟草。这种恶习很快传遍世界，它使吸食上瘾者呼吸变臭，腐蚀其肺部，甚至虔诚的神父们也上瘾了。一个吸烟的神父死后，尸体没有马上被下葬，而是由邓玉函神父进行解剖。这种医学研究在中国是禁忌的，但是却得出惊人的结果：邓玉函可能是第一位，于1621年前后在澳门进行尸体解剖检验时，发现了这种烟草的致命作用的人：

“死者是…一个日本僧侣…他的呼吸由于嗜烟而发臭。 当他的胸瞠被剖开时。我看到的是表面呈海绵状的发干的肺．上面有许多淡蓝色的斑点。”人们应该将这段话写在所有香烟广告和烟盒上，邓玉函医生将保证此项警告获得成效。