1618年他和同行者一起从里斯本出发去中国,并随身携带了一支伽利略式的望远镜。旅途中,他不知疲倦地为他的植物学辞典收集材料,其间发现了500多种在欧洲不为人知的植物种类。由于他在解剖学、机械制造、植物学、数学和天文学等方面的著作。他在中国也获得了著名的医生和科学家的荣誉。1629年他受时任相当于今文化部副部长一职的徐光启的委托,开始修历工作。
邓玉函是最早学习汉语的欧洲人之一,并且肯定是第一个德国人。在一封信中他描述了自己为学习汉语所付出的努力:“我已经学习了两年这门语言,但至今还不会说也不会阅读书籍。…那就是,好象我们在学习三门语言。…我在两年里学了不足3000个完整的字。‘它们在(我脑中)飞进飞出.就象鸽棚里飞进飞出的鸽子’。”
1630年邓玉函英年早逝,这对于传教界、科学界及国际间文化往来都是重大损失。他在北京的墓碑碑文赞称他为“各个科学领域的杰出学者”。
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